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【2025年版】事業承継・M&A補助金のよくある質問10選(第12次公募対応)


第12次公募(申請期間:2025年8月22日〜9月19日 17:00)が始まりました。
この記事は、「初めて事業承継・M&A補助金を検討する経営者様向け」に、よくある質問を10問に絞ってわかりやすく解説します。

特に、

経営者
経営者
公募要領を見たけれど、内容が複雑で正直どこから手をつければいいのか分からない…。

このような経営者様に向けて、申請の流れ・対象者・補助率や上限額・同時申請の可否・支払いルール・報告義務など、まず「押さえるべきポイント」をひとまとめにしました。この記事で大まかな内容を押さえたあとに、必要な情報を深堀りしていきましょう。※公式リンクも各Qに添えていますので参考にしてください。

  1.  押さえるべきポイント申請期限と事前準備を見逃さない
    → 2025年9月19日が締切。電子申請(jGrants)にはgBizIDプライムが必要なので、早めの準備が必須です。
  2. 補助率・上限額は枠ごとに違う
    → 類型によって補助金額や補助率が大きく異なるため、自社に合う枠を正しく選ぶことが成功のカギになります。
  3. 採択後も報告義務が続く
    → 実績報告や事業化状況報告が必要で、最大5年間のフォローがあります。採択後の対応まで考えておくことが重要です。

 


Q1. 事業承継・M&A補助金とは何ですか?

中小企業が事業承継やM&Aに取り組む際の費用を一部補助する制度です。
後継者不足やM&Aコストの負担を軽くし、事業の円滑な引継ぎを後押しします。

当社コンサルタント
当社コンサルタント
単なる「お金がもらえる制度」ではなく、承継やM&Aのリスクを減らす後押し策なんです。経営の将来像と結びつけて考えるのがポイントです。

詳細を知りたい方はこちらの記事をご確認ください。

事業承継・M&A補助金 公式サイト

Q2. 申請はいつ・どうやって行いますか?

  • 受付期間:2025年8月22日(金)〜9月19日(金)17:00まで
  • 方法:電子申請(jGrants限定)
  • 事前準備:gBizIDプライム(発行に1〜2週間かかる場合あり)
当社コンサルタント
当社コンサルタント
gBizIDの準備が遅れると申請自体ができないケースが本当に多いです。まず最初にgBizID発行から取りかかりましょう。

申請詳細(公式)gBizIDの取得方法

Q3. 補助率や補助金額はどのくらいですか?

第12次公募における各類型の「補助率」「補助下限額」「補助上限額」の大枠です。
正確な数値・適用条件は、必ず該当の公募要領「10.補助上限額、補助率等」でご確認ください。

類型 補助率 補助下限額 補助上限額
事業承継促進枠 補助対象経費の1/2以内(小規模事業者は2/3以内) 100万円 600万円(賃上げ実施で800万円)
専門家活用枠(買い手支援I型) 補助対象経費の1/2以内(100億企業特例:1,000万円以下1/2、超過分1/3) 50万円 600万円(DD費用上乗せで800万円)※100億企業特例:2,000万円
専門家活用枠(売り手支援II型) 補助対象経費の1/2以内(赤字または営業利益率低下の場合2/3以内) 50万円 600万円(DD費用上乗せで800万円)
PMI専門家活用類型 補助対象経費の1/2以内 50万円 150万円
PMI事業統合投資類型 補助対象経費の1/2または2/3以内 100万円 800万円〜1,000万円(賃上げ実施時)
廃業・再チャレンジ枠 補助対象経費の1/2以内 50万円 150万円(他類型と併用で上乗せ可)
当社コンサルタント
当社コンサルタント
数字だけ見ると「どの枠でもよさそう」と思いがちですが、適用条件の細かい違いで使えない場合があります。必ず公募要領で確認してください。

事業承継促進枠 公募要領DL
専門家活用枠 公募要領DL
PMI推進枠 公募要領DL
廃業・再チャレンジ枠 公募要領DL

Q4. 誰が申請できますか?

  • 法人:申請時点で「過去3期分の決算・申告が完了していない」場合は対象外
  • 個人事業主:「開業届・青色申告承認申請から5年経過していない」場合は対象外
  • 対象外:みなし大企業、みなし同一法人、NPO法人 等
当社コンサルタント
当社コンサルタント
決算や申告の要件で落ちるケースが意外と多いです。「自分は対象になるか?」を早めに確認するだけで、無駄な準備を防げます。

申請要件FAQ(事業承継促進枠)
申請要件FAQ(専門家活用枠)

Q5. 複数の枠を同時に申請できますか?

  • 事業承継促進枠:他枠との同一公募回での申請は不可
  • 専門家活用枠(買い手支援I型):PMI専門家活用類型と同時申請が可能
  • PMI事業統合投資類型:専門家活用枠との同時申請は不可
  • 廃業・再チャレンジ枠:他枠と併用可(上乗せ最大150万円)
当社コンサルタント
当社コンサルタント
「同時申請できる・できない」は毎回ルールが微妙に変わります。組み合わせ次第で予算額が大きく変わるので要注意です。

同時申請ルール(PMI推進FAQ)

Q6. 申請でよくあるミスは?

  • gBizIDプライム未取得のまま申請しようとする
  • 見積書・契約書の日付が補助事業期間外
  • 50万円以上の経費で相見積を取っていない
  • 税込金額で申請してしまう(税抜で申請が必要)
  • ZIPファイルにパスワードをかけたまま提出
当社コンサルタント
当社コンサルタント
ミスの大半は「日付」や「税抜・税込の混同」です。形式的な部分で落ちるのはもったいないので、最終チェックは第三者に見てもらうと安心です。

申請時の注意点(専門家活用FAQ)

Q7. M&Aや事業承継で注意すべき要件は?

  • PMI専門家活用類型:デューデリジェンスを実施済みのM&Aが対象
  • 事業承継促進枠:
    • 承継対象期間:公募申請期日(2025/9/19)から5年後の2030/9/18まで
    • 承継予定者の要件(いずれか):役員3年以上/雇用3年以上/役員・雇用通算3年以上/親族で代表経験なし
    • 注意:期間内に承継が完了しない場合、補助金は返還対象
当社コンサルタント
当社コンサルタント
承継の完了期限(5年以内)を忘れがちです。「期間内に承継できるか」見通しを持ってから申請するのが鉄則です。

M&A・承継要件(事業承継促進FAQ)
PMI要件(PMI推進FAQ)

Q8. 補助対象経費の支払い方法は?

  • 銀行振込(補助事業者名義)
  • クレジットカード一括払い(補助事業者名義)

契約・発注・納品・支払いは、すべて補助事業期間内に完了している必要があります。

当社コンサルタント
当社コンサルタント
経費は必ず事業者名義の口座から振込・カード払いが必要です。個人カードや現金払いは対象外になるので要注意ですよ。

支払方法・証憑(廃業・再チャレンジFAQ)

Q9. 実績報告では何が求められますか?

  • 補助事業終了後2か月以内に実績報告を提出
  • 支払証憑(領収書・振込控え等)、成果内容、生産性向上要件の確認
  • 事業化状況報告:終了後3〜5年間の継続報告義務
当社コンサルタント
当社コンサルタント
採択後に「報告が大変で放置」という方も…。実績報告を出さないと補助金は支払われません。申請時から報告方法を意識しておきましょう。

実績報告の詳細(廃業・再チャレンジFAQ)

Q10. 過去に補助金を受けたことがある場合、再申請できますか?

はい、可能です。
過去の補助金について事業化状況報告を期限どおりに提出していることが条件です。

当社コンサルタント
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再申請はできますが、前回の事業化状況報告がきちんと提出されているかが必須条件。ここを忘れると再チャレンジできません。

再申請条件(FAQ)


さいごに

事業承継・M&A補助金は、制度を正しく理解し準備すれば強力な支援になりますが、
「公募要領が複雑でよくわからない…」
「申請書類や報告の手間が面倒…」
と感じる経営者様も少なくありません。

そのため、今回の記事でお伝えしたポイントは下記の3点になります。

  • 申請期限と事前準備を見逃さないこと

  • 自社に合う類型を正しく選ぶこと

  • 採択後も報告義務が続くこと

こうした対応に不安がある方は、ぜひ HKSの無料相談 をご利用ください。
要件の確認から書類作成、採択後の実績報告まで、初めての方にもわかりやすく伴走いたします。

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